W 1946 r. do Wrocławia przenosi się Oficerska Szkoła Saperów, która powstała w styczniu 1945 r. w Przemyślu. 18 marca 1946 r. przy szkole tej powstaje klub sportowy Pionier. W 1947 r. przenosi się do Wrocławia druga uczelnia wojskowa: Oficerska Szkoła Piechoty nr 1. Przy OSZP powstaje klub sportowy Podchorążak.
Pionier w sezonie 1946/47 występował we wrocławskiej Klasie B i wywalczył awans do Klasy A, w której grał do końca 1950 r., nie odnosząc poważniejszych sukcesów. W lutym 1951 r. OWKS, bo tak nazywał się już wrocławski klub, przy zielonym stoliku zostaje dołączony do powiększonej 2. ligi. Jednak ten poziom rozgrywek okazuje się dla wrocławskich piłkarzy zbyt wysoki (zajęli ostatnie miejsce).
W 1952 r. po zdobyciu mistrzostwa Dolnego Śląska i wygranych barażach z Pafawagiem Wrocław OWKS awansuje do 2. ligi, jednak po kolejnej reformie tej klasy rozgrywkowej awans zostaje wstrzymany.
Do 1956 r. wrocławianie występują w lidze międzywojewódzkiej, kiedy to awansują do 2. ligi. Klub, po raz kolejny zmienia nazwę, tym razem na CWKS. W 1957 r. beniaminek ze stolicy Dolnego Śląska toczy zaciętą, acz przegraną walkę z Polonią Bydgoszcz o awans do 1. ligi. W sierpniu 1957 r. klub przyjmuje nazwę WKS Śląsk.
Wojskowi grają w 2. lidze osiem sezonów, by wiosną 1964 r. pod wodzą Władysława Giergiela po raz pierwszy awansować do ekstraklasy. Śląsk, zadomawia się w 1. lidze na pięć sezonów. W sezonie 1968/69 Śląsk opuszcza szeregi ekstraklasy.
Drugoligowa banicja trwa cztery sezony. W 1971 roku były piłkarz Śląska Władysław Żmuda, zostaje trenerem WKS-u i po dwóch latach w sezonie 1972/73 wprowadza wrocławian do 1. ligi.
Zaczyna się najlepszy okres w historii klubu. Wiosną 1975 Śląsk zajmuje 3. miejsce w lidze i debiutuje w europejskich pucharach. Po odprawieniu GAIS Göteborga i Royalu Antwerp, wojskowi w 3. rundzie Pucharu UEFA muszą uznać wyższość słynnego Liverpoolu. W sezonie 1975/76 Śląsk po raz pierwszy zdobywa Puchar Polski, w finale wygrywając w Warszawie ze Stalą Mielec. W nagrodę wrocławscy piłkarze grają w PZP i znów dochodzą do 3. rundy. Po wyeliminowaniu Floriany La Valetta i Bohemiansa Dublin, wojskowi odpadają z dalszych rozgrywek po przegranej z SSC Napoli.
Doświadczenie zdobyte na europejskich arenach procentowało w lidze. Wiosną 1977 Śląsk zdobywa jedyny jak na razie tytuł mistrza Polski.
Niestety, start wojskowych w Pucharze Mistrzów edycji 1977/78 wypadł mizernie. Wrocławianie w 1. rundzie trafiają na mistrza Bułgarii Lewski- Spartak Sofia i tą rywalizację przegrywają.
W 1978 roku Śląsk zajmuje 2. miejsce w lidze i zdobywa tytuł wicemistrza. W Pucharze UEFA wrocławianie po wyeliminowaniu niezbyt silnych przeciwników z Cypru i Islandii, nie dają rady w 3. rundzie tych rozgrywek silnej Borussii Mönchengladbach.
W sezonie 1979/80 wrocławianie znów są w ligowej czołówce i zajmują po raz drugi 3. miejsce w Polsce, co daje okazję do powrotu na europejskie salony.
Niestety, występy w Pucharze UEFA Śląsk kończy już po 1. rundzie, przegrywając z Dundee United na wyjeździe aż 2:7.
W 1982 r. wrocławianie zażarcie walczą o tytuł mistrza Polski z łódzkim Widzewem, jednak przegrywają w dramatycznych okolicznościach, w ostatniej kolejce z krakowską Wisłą i muszą zadowolić się po raz drugi w historii- tytułem wicemistrzów Polski..
W Pucharze UEFA Śląsk w 1. rundzie eliminuje Dynamo Moskwa, jednak w następnej wyraźnie przegrywa rywalizację z Servette Genewa i odpada z dalszych rozgrywek.
W następnych sezonach wrocławianie spisują się przeciętnie, a do krajowej czołówki wracają w sezonie 1986/87 zajmując wysokie 4. miejsce w lidze i po raz drugi sięgają po Puchar Polski. W meczu finałowym w Opolu, w rzutach karnych wygrywają z GKS Katowice. W sierpniu 1987 r. wrocławianie zdobywają Superpuchar Polski, wygrywając w Białymstoku z ówczesnym mistrzem Polski - Górnikiem Zabrze 2:0.
Jesienią w 1987r. Śląsk po raz ostatni- jak na razie- gra w europejskich pucharach - odpada już w pierwszej rundzie PZP z Realem San Sebastian.
Śląsk staje się ligowym średniakiem, aż do katastrofy w sezonie 1992/93, kiedy to Śląsk niespodziewanie po 20. sezonach nieprzerwanej gry w ekstraklasie spada do 2. ligi. Drugoligowa banicja trwa dwa sezony. Wiosną 1995r. Śląsk trenowany przez Stanisława Świerka wywalczył awans do 1. ligi. Występy w ekstraklasie, kończą się ponownym spadkiem do 2. ligi wiosną 1997 r.
W grudniu 1997 r. sekcję piłki nożnej wyodrębniono ze struktur klubu wojskowego i Śląsk stał się klubem wrocławskim. Na zapleczu ekstraklasy WKS spędził trzy sezony. Wiosną 2000 r. piłkarze Śląska szkoleni przez Jana Calińskiego powrócili do krajowej elity. Pobyt w 1. lidze ponownie nie był długi i trwał tylko dwa sezony. Jesienią 2002r. Śląsk znów jest klubem drugoligowym, ale tylko sezon. Występując, nieprzerwanie w rozgrywkach szczebla centralnego od 1957 roku, wiosną 2003 Śląsk spada do 3. ligi. W pierwszym sezonie na trzecim froncie wrocławianie zajmują 2. miejsce w swojej grupie za Zagłębiem Sosnowiec i nieskutecznie walczą o awans do 2. ligi w barażach z Arką Gdynia. Po kilku latach, poznaliśmy kulisy tego dwu meczu, którego wrocławianie wygrać nie mogli. W sezonie 2004/05 Śląsk zajmuje 1. miejsce w trzecioligowej tabeli i awansuje do 2. ligi pod wodzą trenera Ryszarda Tarasiewicza. Beniaminek z Wrocławia, na drugim froncie, spisuje się bardzo dobrze i niewiele zabrakło do kolejnego awansu ostatecznie Śląsk jest czwarty.
W 2006 r. z Wrocławia odchodzi trener Tarasiewicz i sezon 2006/2007 w wykonaniu Śląska nie jest najlepszy tylko 9. miejsce.
Latem 2007 r. ponownie trenerem wrocławskiego klubu zostaje Tarasiewicz i wiosną 2008r. po raz drugi, trener ten wywalczył ze Śląskiem awans, tym razem do Ekstraklasy.
Po sześciu latach tułaczki, wrocławski klub powrócił w szeregi najlepszych. W sezonie 2008/2009 Śląsk jako beniaminek był rewelacją Ekstraklasy i zajął w niej wysokie 6. miejsce. Ukoronowaniem udanych występów było zdobycie Pucharu Ekstraklasy. Śląsk w finale tych rozgrywek 13. maja 2009 w Wodzisławiu pokonał miejscową Odrę 1-0. Sezon 2009/10 wrocławianie zakończyli na 9. miejscu w tabeli.
W trakcie sezonu 2010/11, po czterech porażkach z rzędu, Ryszard Tarasiewicz został zawieszony w wykonywaniu czynności trenera Śląska Wrocław. Nowym szkoleniowcem I drużyny został Orest Lenczyk, legenda polskiego futbolu. Klub zajmował wówczas przedostatnie miejsce w tabeli. Jednakże, po zwycięstwie 5:0 w ostatnim decydującym meczu sezonu z Arką Gdynia, Śląsk zdobył tytuł Wicemistrza Polski 2010/2011. Dzięki temu, po 24 latach ponownie zagrał w europejskich pucharach. Tymczasem, w Pucharze Polski odpadł w 1/8 finału, przegrywając 1:2 na własnym boisku z Legią Warszawa.
Śląsk rozpoczął sezon w Lidze Europy od dwumeczu w ramach II rundy eliminacyjnej, w którym zmierzył się ze szkockim Dundee United FC. Po wyrównanych pojedynkach, lepszy okazał się klub z Wrocławia i to on awansował do następnej rundy. Kolejny dwumecz został rozegrany z bułgarskim PFC Lokomotiv Sofia. Mimo znacznej przewagi Wrocławian, dopiero rzuty karne zadecydowały o zwycięstwie nad tą drużyną. W rundzie decydującej o awansie do fazy grupowej Ligi Europy, Śląsk został pokonany przez rumuński FC Rapid Bukareszt.
Tymczasem w domowych rozgrywkach Śląsk Wrocław dominował. 28 października 2011 roku rozegrał swój pierwszy mecz ligowy na nowym Stadionie Miejskim przy Alei Śląskiej. Przy pełnych trybunach Śląsk odniósł zwycięstwo 1:0 nad Lechią Gdańsk i na półmetku Ekstraklasy zajmował pierwsze miejsce w tabeli. Jednakże po przerwie zimowej przyszło załamanie formy i drużyna zaliczyła kilka dotkliwych porażek: z Legią Warszawa, Koroną Kielce, Lechem Poznań i Polonią Warszawa, które mogły mieć istotne znaczenie pod koniec sezonu. W Pucharze Polski po raz pierwszy od 1993 roku Śląsk awansował do ćwierćfinału, przegrywając w nim awans do półfinału z Arką Gdynia. Ostatecznie, dzięki mobilizacji zespołu i zwycięstwom w trzech końcowych kolejkach sezonu 2011/2012 przeciwko Zagłębiu Lubin, Jagiellonii Białystok oraz Wiśle Kraków, wrocławianie sięgnęli po raz drugi w historii klubu po tytuł Mistrza Polski.
Kolejny sezon w rozgrywkach UEFA Śląsk rozpoczął od II rundy eliminacyjnej Ligi Mistrzów. Pokonał w niej przeciwnika z Czarnogóry – FK Budućnost Podgorica, jednak w następnej rundzie, po przegranej w dwumeczu aż 1:6 z mistrzem Szwecji, Helsingborgs IF, odpadł z tych rozgrywek, kontynuując swe zmagania w pucharach europejskich w fazie play-off Ligi Europy. 12 lipca 2012 roku Mistrz Polski zmierzył się ze zdobywcą Pucharu Polski – Legią Warszawa w meczu o Superpuchar Polski, zdobywając to trofeum po raz drugi w historii wrocławskiego klubu. Sukces ten nie przełożył się jednak na dobre wyniki Śląska w Europie. Dwie porażki z Hannoverem 96 (3:5, 1:5) nie dały mu szans na awans do upragnionej fazy grupowej. Po tak wysokich przegranych doszło do dymisji dotychczasowego trenera, Oresta Lenczyka. Jego miejsce zajął czeski szkoleniowiec, Stanislav Levy.
