dr Paweł Lorek - Vratis: Projekt i implementacja dedykowanych modułów analizy danych związanych z obrazowaniem mikroskopowym oraz symulacjami przepływów płynów.

dr Paweł Lorek, Uniwersytet Wrocławski

Vratis Sp. z o.o.

O projekcie

W stażu można wyodrębnić 3 obszary/zadania:

1. Segmentacja i śledzenie dynamiki komórek i struktur wewnątrzkomórkowych na serii obrazów 3D z mikroskopii fluorescencyjnej.
2. Wykrywanie cykli życia komórek.
3. Uruchomienie modułu turbulencji k-omega SST w produkcie ARAEL.

Wykrywanie, w którym cyklu jest obecnie komórka czy też cytoplazma jest istotne z wielu względów. Np. wiele anomalii jest często obserwowanych w komórkach rakowych i tzw. tetraploidyzacji, która jest wynikiem pewnych powikłań w cytokinezie. Uważa się, że jest to wczesny etap tworzenia się tkanki rakowej (można próbować zapobiec rozwojowi choroby, jeśli faza taka zostanie odpowiednio wcześnie wykryta). Tutaj nie wystarczy już badanie pojedynczego obrazu, lecz jest niezbędne wnioskowanie z serii obrazów (kontekstowość). Do tego celu wykorzystane zostanie teoria procesów Markowa.

Istniejące w firmie oprogramowanie ARAEL służy do symulacji przepływów płynów. Podczas stażu będzie zaimplementowany pewien moduł turbulencji, dzięki czemu znaczącą poprawi się jakość symulacji niektórych (czułych właśnie na te turbulencje) zjawisk, jak np. przepływ krwi w aorcie w czasie skurczu serca.