Powstanie u schyłku średniowiecza nowego zespołu klasztornego związane było ze śląską misją Św. Jana Kapistrana, jednego z reformatorów zakonu franciszkańskiego i znakomitego kaznodziei.
Jego przybycie do Wrocławia dnia 13 lutego 1453 r. i kazania, które wygłaszał przeciwko zbytkowi, zepsuciu obyczajów i kacerstwu wzbudziły wielkie religijne emocje. W zamieszkach ulicznych zginęło wówczas wielu innowierców, na stosach płonęły przedmioty zbytku, wywołano też prześladowania Żydów, zakończone śmiercią kilkudziesięciu osób. Przybyła z Kapistranem grupa zakonników szybko doprowadziła do budowy nowego kościoła, pierwszego prowizorycznego, poświęconego w 1455 roku i następnego, już murowanego, którego budowę rozpoczęto w 1463 r. Przy wydatnej pomocy Rady Miejskiej i licznych początkowo ofiarodawców kościół w podstawowym zrębie ukończono ok. 1466 r. Etapami, na przełomie XV i XVI w., powstawały też zabudowania klasztorne, z których zachowały się pięknie sklepione krużganki i pieczołowicie odtworzony wirydarz, porośnięty rzadkimi roślinami, kwiatami i ziołami.
Obecnie we wnętrzach pobernardyńskiego zespołu mieści się jedyne w Polsce i jedne z nielicznych w świecie Muzeum Architektury. Jedna z jego stałych ekspozycji prezentuje na fotogramach i makietach rozwój urbanistyczny i architektoniczny Wrocławia.
